由已故創辦人莊心在教授創辦的萬能科技大學，建校迄今近五十年，當初成立乃為因應國內高等教育的發展，社會開放，經濟繁榮，資訊快速累積以及經建人才需求殷切等因素，始於民國61年3月27日獲教育部核准立案，成立「私立萬能工業技藝專科學校」（設紡織技術、塑膠加工、工業電子、營建技術等四科，並定三月廿七日為校慶紀念日），特別禮聘前台南工學院院長秦大均博士為首任校長。翌年改名為「私立萬能工業專科學校」（科名更改為紡織工程科、化學工程科、電子工程科、土木工程科，另增設工業管理科）。

民國63年4月秦大均校長因健康請辭，聘前教育部參事郁漢良教授為第二任校長，當年6月舉行第一屆畢業典禮，計324名學生畢業。民國66年3月，聘前中興大學教授、工管科主任劉戊亮教授為第三任校長。

民國71年設立夜間部，設工業工程與管理科。民國72年8月，聘本校教務主任莊晉博士為第四任校長。民國79年奉准更改校名為「私立萬能工商專科學校」；民國88年改制「萬能技術學院」，日間部增設化工、環工、工管、資管等四個技術系，夜間部更名為進修部，並增設環工、工管、資管等三個技術系。進修部補習學校更名為「專科進修學校」，並增設「在職專班」。民國89年成立通識教育中心，日間部增設紡科、商設、電子、土木、國貿(94學年更名為國際企業系，100學年更名為行銷與流通管理系)、企管等六個技術系，進修部成立紡科、化工、電子等三個技術系、招收二技部。民國90年成立資訊工程系及財務金融系(102學年更名為理財經營管理系)，招收四技部學生，成立妝管科，招收二專部學生。進修部成立土木、國貿、企管等三個技術系，同年11月，禮聘原東南科大校長、王純粹教授接任本校校長。民國91年增設經營管理研究所。民國92年8月設光電工程系、生物技術系、運動健康與休閒系及美容系。另成立高分子材料、綠色環境、製商整合及電腦通訊等四個研發中心。

民國93年2月1日教育部核定改名為「萬能科技大學」，設有工程、管理、電子資訊、民生四個學院，同年8月增設化妝品應用與管理系及工程科技研究所，11月聘請前中央大學教授、徐新興教務長接任校長一職。

民國95年2月，由本校教務長、莊暢教授擔任本校校長，接棒為邁向一流科技大學而邁進。民國96年8月增設材料科技研究所（99學年更名材料科學與工程系所、102學年更名材料應用科技研究所）、資訊管理與數位商業研究所（97學年更名資訊管理系所），民國98年8月增設餐飲管理系。民國99年8月增設影像顯示技術研究所，民國100年8月國際企業系更名為行銷與流通管理系，民國101年8月增設旅館系。民國102年8月增設數位多媒體系、美髮造型設計系、商品設計系及航空暨運輸服務管理系等四系，化妝品應用與管理系增設碩士班，民國104年8月增設航空光機電系；民國105年8月增設演藝與時尚事業學士學位學程，民國106年8月增設時尚造型設計系，民國108年8月增設車輛工程系。民國110年8月營建科技系(碩士班)更名為室內設計與營建科技系(碩士班)，工業管理系更名為精密機械與工業工程系。民國112年8月增設電機工程系及精密機械與工業工程系工業工程碩士班。。

112學年現有三個學院（航空暨工程學院、觀光餐旅暨管理學院、設計學院），包含6個研究所（室內設計與營建科技系碩士班、電資研究所、經營管理研究所、資訊管理系碩士班、化妝品應用與管理系碩士班、精密機械與工業工程系工業工程碩士班）、17個系（室內設計與營建科技系、環境工程系、資訊工程系、航空光機電系、精密機械與工業工程系、車輛工程系、電機工程系、觀光與休閒事業管理系、餐飲管理系、旅館管理系、航空暨運輸服務管理系、行銷與流通管理系、企業管理系、資訊管理系、化妝品應用與管理系、商業設計系、時尚造型設計系）。