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由已故創辦人莊心在教授創辦的萬能科技大學,建校迄今近四十多年,當初成立乃為因應國內高等教育的發展,社會開放,經濟繁榮,資訊快速累積以及經建人才需求殷切等因素,始於民國61年3月27日獲教育部核准立案,成立「私立萬能工業技藝專科學校」(設紡織技術、塑膠加工、工業電子、營建技術等四科,並定三月廿七日為校慶紀念日),特別禮聘前台南工學院院長秦大均博士為首任校長。翌年改名為「私立萬能工業專科學校」(科名更改為紡織工程科、化學工程科、電子工程科、土木工程科,另增設工業管理科)。
民國63年4月秦大均校長因健康請辭,聘前教育部參事郁漢良教授為第二任校長,當年6月舉行第一屆畢業典禮,計324名學生畢業。民國66年3月,聘前中興大學教授、工管科主任劉戊亮教授為第三任校長。
民國71年設立夜間部,設工業工程與管理科。民國72年8月,聘本校教務主任莊晉博士為第四任校長。民國79年奉准更改校名為「私立萬能工商專科學校」;民國88年改制「萬能技術學院」,日間部增設化工、環工、工管、資管等四個技術系,夜間部更名為進修部,並增設環工、工管、資管等三個技術系。進修部補習學校更名為「專科進修學校」,並增設「在職專班」。89年成立通識教育中心,日間部增設紡科、商設、電子、土木、國貿、企管等六個技術系,進修部成立紡科、化工、電子等三個技術系、招收二技部。90年成立資訊工程系及財務金融系(102學年更名為理財經營管理系),招收四技部學生,成立妝管科,招收二專部學生。進修部成立土木、國貿、企管等三個技術系,同年11月,禮聘原東南科大校長、王純粹教授接任本校校長。
民國91年增設經營管理研究所。92年8月設光電工程系、生物技術系、運動健康與休閒系及美容系。另成立高分子材料、綠色環境、製商整合及電腦通訊等四個研發中心。
民國93年2月1日教育部核定改名為「萬能科技大學」,設有工程、管理、電子資訊、民生四個學院,同年8月增設化妝品應用與管理系及工程科技研究所,11月聘請前中央大學教授、徐新興教務長接任校長一職。
民國95年2月,由本校教務長、莊暢教授擔任本校校長,接棒為邁向一流科技大學而邁進。民國96年8月增設材料科技研究所(99學年更名材料科學與工程系所、102學年更名材料應用科技研究所)、資訊管理與數位商業研究所(97學年更名資訊管理系所),民國98年8月增設餐飲管理系。民國99年8月增設影像顯示技術研究所,民國100年8月國際企業系更名為行銷與流通管理系,民國101年8月增設旅館系。民國102年8月增設數位多媒體系、美髮造型設計系、商品設計系及航空暨運輸服務管理系等四系,化妝品應用與管理系增設碩士班,民國104年8月增設航空光機電系;民國105年8月增設演藝與時尚事業學士學位學程,民國106年8月增設時尚造型設計系。
107學年現有三個學院(航空暨工程學院、觀光餐旅暨管理學院、設計學院),包含6個研究所(營建科技系碩士班、環境工程系碩士班、電資研究所、經營管理研究所、資訊管理系碩士班、化妝品應用與管理系碩士班)、18個系與1個學士學位學程(營建科技系、環境工程系、資訊工程系、航空光機電系、工業管理系、觀光與休閒事業管理系、餐飲管理系、旅館管理系、航空暨運輸服務管理系、行銷與流通管理系、企業管理系、資訊管理系、化妝品應用與管理系、商業設計系、美髮造型設計系、商品設計系、數位多媒體系、時尚造型設計系、演藝與時尚事業學士學位學程),車輛工程系將於108學年開始招生。